Genomes for Kids (G4K)

---

9/19/2018

Change in Genetic Knowledge of Parents  Consenting to Clinical Genomic Sequencing  for their Child with Cancer Following a  Two‐Phase Consent  Mandrell B, Ouma A, Harrison L, Hamilton K, Quinn E, McGee R, Nuccio R, Hines‐Dowell S,  Gerhardt E, Kesserwan C, Valdez J, Johnson L, Nichols K Division of Nursing Research Division of Cancer Predisposition St. Jude Children’s Research Hospital

NO DISCLOSURES OR CONFLICT OF INTEREST

Genomes for Kids (G4K)

1

9/19/2018

G4K Study Objectives Primary Objectives • To perform clinical next generation whole genome  (WGS), exome (WES), and  RNA sequencing on St. Jude pediatric  oncology patients prospectively over a 24  month period

Exploratory Objectives • To generate and analyze data describing  the informed consent process and  patient/parent perceptions of genomic  investigations and research.

• To use WGS, WES and RNA sequence • To generate and analyze data describing  data to identify and characterize somatic  the return of genomic sequencing results,  examine patient/parent understanding of  genetic variants of pathological  these results and assess the impact of  significance and germline genetic variants  results on patients and families. associated with increased cancer risk.

G4K Study Eligibility Inclusion Criteria

Exclusion Criteria

St. Jude oncology patients prospectively  identified at the time of study activation  (08/2015) Newly diagnosed solid or liquid tumor Relapsed or refractory solid or liquid tumor

Past medical history of allogeneic  hematopoietic stem cell transplant

Adequate tumor tissue 

Insufficient tumor or germline tissue

Retinoblastoma, pontine glioma, optic  pathway glioma and craniopharyngioma are  eligible using only germline sample if tumor  tissue is unavailable

Participants who are unable to read, write or  converse fluently in English are excluded from  Exploratory arm of the study

Research or Standard Cancer Care • Information may not be presented to patients and families in  a straight‐forward manner • Patient and families have difficulty differentiating between  standard cancer treatment and a research objective within a  clinical trial • When consenting to genomic sequencing, it is important for  patients and families to understand this as being a research  objective and likely to have little impact on their cancer  treatment

2

9/19/2018

Two‐Visit Informed Consent Model • Parents of children with cancer were offered the  opportunity to have their children’s tumor and germline  tissues studied using clinical genomic sequencing • At the introductory visit:  ‐ Parents completed a baseline genetic knowledge ‐ Parents completed self‐reported literacy/numeracy  • Given basic concepts related to genomic sequencing

Two Visit Informed Consent Model:  • All education and consenting completed by one  trained nurse • Parents returned 1‐3 weeks after introductory visit • Information was re‐enforced and informed  consent obtained • Post‐test administered to reassess genetic  knowledge

G4K Study flowchart Identify Eligible Participants Study Introduction Visit Informed Consent Conversation (ICC) Consent for Genomic Studies? Yes

Consent for Interviews, Surveys? No

Obtain Tumor/Germline DNA/RNA

Consent to Receive Germline Results? No

No

Yes

ICC Follow-up Visit

Yes

Complete WES, WGS, RNA Sequencing

Return of Results Visit

Data Analysis/Variant Interpretation

Return of Results Follow-up Visit

Generate Reports Tumor

Germline

Place in EMR/Discuss with Doctor

Place in EMR/Discuss with Doctor

3

9/19/2018

Handouts G4K Study Brochure

GINA handout

St. Jude Genomics Studies Handout

Enrollment

August 21, 2015 through April 14, 2017

Patients considered for study n = 1,095  Lack of tissue:       378 (35%) Eligibility pending: 177 (16%)  Other:                    171 (16%)

Eligible Patients n = 369  Refusals:                  53 (14%) Not consented:           4  (1%)

Consented patients n = 312 (85%)

Genomic (n = 312; 100%)Exploratory (n = 230; 74%)  Tumor & germline (n = 255; 82%) Germline only (n = 47; 15%) Tumor only (n = 10; 3%)

Surveys & interviews (n = 222; 71%) Surveys only   (n = 4; 1%) Interviews only (n = 4; 1%)

4

9/19/2018

Patient Characteristics Enrolled  Participants  N = 312

Ineligible: Lack of  Adequate Tissue   N = 378

Refused G4K Study N = 53

Age

7.87y (0.23 – 26)

11y (0.29 – 22)

9.21y (.98 – 20.2)

Male

168 (54%)

203 (54%)

26 (49%)

Newly diagnosed

271 (87%)

319 (85%)

47 (89%)

Relapsed/refractory

41  (13%) 

59 (15%)

6 (11%)

Solid

83  (27%) 

137 (36%)

15 (28%)

Liquid

128  (41%) 

106 (28%)

19 (36%)

CNS

101  (32%) 

135 (36%)

19 (36%)

Feature

Clinical Status

Tumor status

Tumor type

Parent demographics by study time points Characteristic Relationship to patient

Completed SIV (N=158)

Completed ICC (N=223)

Mother

118 (75%)

163 (73%)

90 (74%)

Father

36 (23%)

55 (25%)

27 (22%) 4 (3%)

4 (3%)

5 (2%)

Completed SIV+ICC (N=121)

Legally appointed representative (LAR) Age at survey completion, years

n=154

n=117

n=218

Mean (SD)

37.5 (7.9) 37.4 (7.7)

36.8 (8.1)

37.2 (21.2‐65.6)

36.2 (20‐65.6)

Unknown

19 (12%)

High school graduate and below

Median (range)

37 (21.2‐65.6)

Education 31 (14%)

16 (13%)

38 (24%)

50 (22%)

30 (25%)

Some college

35 (22%)

49 (22%)

27 (22%)

College graduate and above

66 (42%)

93 (42%)

Missing

12 (8%)

16 (7%)

11 (9%)

Not married or partnered

36 (23%)

48 (22%)

26 (21%)

Married or partnered

110 (70%)

159 (71%)

84 (69%)

Unknown

44 (28%)

62 (28%)

33 (27%)

<$20,000

23 (15%)

30 (13%)

17 (14%)

48 (40%)

Marital status

Household income level

$20,000 ‐ $59,999

33 (21%)

52 (23%)

$60,000 ‐ $99,999

33 (21%)

44 (20%)

28 (23%)

≥$100,000

25 (16%)

35 (16%)

18 (15%)

Unknown

23 (15%)

34 (15%)

17 (14%)

Christian

104 (66%)

161 (72%)

83 (69%)

Non‐Christian/Other

31 (20%)

28 (13%)

21 (17%)

25 (21%)

Religion

Findings : Two‐Visit Consent Model • Genomic knowledge increased by 11% (77.8 to 88.9%,  p<0.0001) • Understanding of somatic mutations improved (18 to 59%)  • Understanding of germline mutations improved (31 to 64%)  • The concept of somatic and germline mutations remained  unfamiliar to approximately one‐third of the parents

5

9/19/2018

No Association between parent reported literacy and numeracy skills and the percent of correct answers on the genetic knowledge test Change in the overall percent of correct  answers (ICC‐SIV)a N

Median (IQR)

Pb

Not at all/A little bit/Somewhat

29

11.11 (0 to 33.33)

0.720

Quite a bit/Extremely

91

11.11 (0 to 22.22

Literacy:  How confident are you filling out forms by yourself

Subjective Numeracy Scale (SN‐3):  How good are you at working with  fractions 1‐3 (Low/Intermediate)

56

11.11 (0 to 27.78)

4‐5 (High)

64

11.11 (0 to 22.22)

0.558

How often do you find numerical information useful? 1‐3 (Low/Intermediate)

30

16.67 (0 to 22.22)

4‐5 (High)

90

11.11 (0 to 22.22)

0.228

How good are you at figuring out how much a shirt will cost if it is 35% off? 1‐3 (Low/Intermediate)

26

11.11 (0 to 22.22)

4‐5 (High)

93

11.11 (0 to 22.22)

0.951

Conclusion • The two‐visit model improved knowledge • Somatic and germline mutations remain difficult  concepts • Ongoing discussion and reinforcement of  unfamiliar concepts is needed to achieve  adequate understanding

6

9/19/2018

Thanks to the patients and families  that participate in G4Kids

7